Um parasita mortal conhecido como Kalma ameaça o mundo de Jade Cocoon 2. Situado séculos após o primeiro Jade Cocoon, a sequência coloca você no papel de Kahu, um jovem Cocoon Master. Kahu deve entrar em quatro florestas temáticas elementares em uma missão para impedir que Kalma ultrapasse a terra. Procure os quatro Orbs of Cocoon Masters enquanto treina monstros capturados para ajudá-lo em sua missão. Você pode até mesmo colocar seu exército de lutadores contra as criaturas mais bem criadas de um amigo no modo de batalha.