Um surto viral fechou uma das instalações militares mais secretas e seguras do governo dos EUA e todo o pessoal científico e militar está trancado lá dentro. Uma pequena unidade das Forças Especiais, liderada pelo especialista Ethan Cole, é enviada para investigar. Como Cole, você mergulhará em cinco níveis expansivos dentro dos limites da Área 51, descobrindo um efeito colateral mutagênico mortal do vírus, bem como uma antiga colônia alienígena enterrada sob a instalação. Com uma variedade de armas humanas e alienígenas, você deve explorar conspirações para resolver o enigma da Área 51.