Baseado no filme de animação da DreamWorks, Madagascar conta a história de quatro animais no zoológico do Central Park de Nova York. Você deve usar as habilidades de sua tripulação de animais (consistindo de um leão, zebra, girafa e hipopótamo) para superar uma variedade de obstáculos perigosos. Conforme você conhece novos personagens e enfrenta inimigos, você desenvolverá novas habilidades, como o rastreamento furtivo, o giro do helicóptero e o cano em movimento. Repita os níveis para desbloquear bônus e truques específicos para personagens.