Anos após a batalha contra Orochi, o Rei Serpente, os heróis dos Três Reinos e dos Estados Combatentes lutam para assumir o controle do novo universo em que foram lançados quando uma nova ameaça surge. Um monstro terrível e colossal lança sua sombra sobre a terra e derrota a maioria dos bravos guerreiros. Os que sobreviveram, auxiliados pelo misterioso Kaguya, viajam no tempo para salvar guerreiros caídos e forjar novas alianças, coletar armas poderosas e construir um exército para que tenham a chance de derrotar a terrível Hydra! Mas essa não é toda a ajuda que eles terão desta vez, já que o vórtice criado por Orochi arrasta mais alguns aliados para seu universo. Dragon Ninja Ryu Hayabusa, Achilles, Jeanne d'Arc, Nemea e Ayane são apenas algumas das novas adições à lista de mais de 120 personagens jogáveis.