Combinando ação rápida e explosiva com comando tático no campo de batalha, Anomaly coloca os jogadores no comando de um comboio militar encarregado de lutar contra as misteriosas máquinas de guerra alienígenas que começaram a surgir em muitas das maiores cidades do mundo. Os jogadores participam das batalhas pessoalmente para apoiar e ajudar um esquadrão de armadura escolhido a dedo, utilizando sua visão tática de cima para baixo para traçar cada volta do comboio. À medida que avançam na campanha da história e nos modos de desafio, os jogadores desbloquearão atualizações e novas unidades para construir seu esquadrão de destruição final.