Prophet está em uma missão de vingança após descobrir a verdade por trás dos motivos da Cell Corporation para construir os Nanodomes em quarentena. Os cidadãos foram informados de que as gigantescas estruturas da cidade foram ressuscitadas para proteger a população e limpar essas metrópoles dos remanescentes das forças do Ceph. Na realidade, os Nanodomes são a tentativa secreta da CELL de se apropriar de terras e tecnologia em sua busca pela dominação global. Com Alien Ceph espreitando em cada esquina e inimigos humanos no ataque, ninguém está seguro no caminho da vingança. Todos são alvos na busca do Profeta por retribuição.